Regionaal typeringslab

Doel

Het doel van het typeernetwerk is vroegsignalering, zodat afdelingen infectiepreventie (intern of in samenwerking wanneer multi-institutioneel) maatregelen kunnen nemen.

Het netwerk dat tijdens de pilotfase (2023) van het project is opgezet, uitbreiden naar andere zorginstellingen in de regio Noord-Holland | Flevoland.

Het netwerk genereert en analyseert op NGS gebaseerde typeringsgegevens en ondersteunt real-time infectiepreventie en uitbraakdetectie in de regio.

Uiteindelijk moet het netwerk evolueren naar een prospectieve surveillance van pathogenen met behulp van routinematige whole genome sequencing en real-time analyse en het delen van resultaten.

Aanpak

Deelnemende laboratoria zullen:
a) toegang te krijgen tot het tijdens de pilotfase ontwikkelde online platform. Het platform maakt het delen van ruwe sequencinggegevens, online interpretatie van NGS-gegevens door laboratoria onderling en vergelijking van de typeringsresultaten tussen instellingen mogelijk;
b) VRE- en ESBL-Enterobacteriaceae-isolaten van belang naar een centraal laboratorium sturen voor sequencing; of de isolaten zelf sequencen. Alle resultaten worden gedeeld via het platform;
c) hun resultaten delen en vergelijken met andere regionale instellingen. Er worden maandelijkse vergaderingen georganiseerd om de typeringsresultaten te bespreken en interessante klonen te identificeren. Indien nodig worden infectiepreventiemaatregelen besproken om uitbraken te voorkomen;
d) toegang tot consultatie en expertise in moleculaire instrumenten voor uitbraakbeheer (bijv. ontwikkeling van NGS-gebaseerde PCR-assays om snel patiëntmonsters met een groot volume te screenen)

Tussen de verschillende stakeholders van het project (zorginstellingen, regionale laboratoria voor medische microbiologie, AMR-Zorgnetwerk) wordt nagedacht over duurzaamheid en het toekomstbestendig maken van het netwerk. Uiteindelijk moet het netwerk evolueren naar een prospectieve surveillance van pathogenen met behulp van routinematige whole genome sequencing en real-time analyse en het delen van resultaten. Er worden groeps- en individuele bijeenkomsten georganiseerd om het netwerk te promoten, beperkingen en mogelijke verbeteringen te bespreken.

Status Q2-2025

Sinds het begin van het jaar zijn in het kader van het project 166 nieuwe bacteriële genomen gesequenced. Deze genomen worden geanalyseerd en via de 1928 Diagnostics-app gedeeld met de deelnemende instellingen. Elke week worden er rapporten naar alle deelnemers gestuurd waarin wordt beschreven welke clusters van genomen zijn geïdentificeerd.

Tegelijkertijd onderzoekt het GeoClus-project hoe deze resultaten op een efficiënte manier kunnen worden doorgegeven aan de afdelingen voor infectiepreventie van de deelnemende ziekenhuizen.