Doel
Het doel van het typeernetwerk is vroegsignalering, zodat afdelingen infectiepreventie (intern of in samenwerking wanneer multi-institutioneel) maatregelen kunnen nemen.
Het netwerk dat tijdens de pilotfase (2023) van het project is opgezet, uitbreiden naar andere zorginstellingen in de regio Noord-Holland | Flevoland.
Het netwerk genereert en analyseert op NGS gebaseerde typeringsgegevens en ondersteunt real-time infectiepreventie en uitbraakdetectie in de regio.
Uiteindelijk moet het netwerk evolueren naar een prospectieve surveillance van pathogenen met behulp van routinematige whole genome sequencing en real-time analyse en het delen van resultaten.
Aanpak
Deelnemende laboratoria zullen:
a) toegang te krijgen tot het tijdens de pilotfase ontwikkelde online platform. Het platform maakt het delen van ruwe sequencinggegevens, online interpretatie van NGS-gegevens door laboratoria onderling en vergelijking van de typeringsresultaten tussen instellingen mogelijk;
b) VRE- en ESBL-Enterobacteriaceae-isolaten van belang naar een centraal laboratorium sturen voor sequencing; of de isolaten zelf sequencen. Alle resultaten worden gedeeld via het platform;
c) hun resultaten delen en vergelijken met andere regionale instellingen. Er worden maandelijkse vergaderingen georganiseerd om de typeringsresultaten te bespreken en interessante klonen te identificeren. Indien nodig worden infectiepreventiemaatregelen besproken om uitbraken te voorkomen;
d) toegang tot consultatie en expertise in moleculaire instrumenten voor uitbraakbeheer (bijv. ontwikkeling van NGS-gebaseerde PCR-assays om snel patiëntmonsters met een groot volume te screenen)
Tussen de verschillende stakeholders van het project (zorginstellingen, regionale laboratoria voor medische microbiologie, AMR-Zorgnetwerk) wordt nagedacht over duurzaamheid en het toekomstbestendig maken van het netwerk. Uiteindelijk moet het netwerk evolueren naar een prospectieve surveillance van pathogenen met behulp van routinematige whole genome sequencing en real-time analyse en het delen van resultaten. Er worden groeps- en individuele bijeenkomsten georganiseerd om het netwerk te promoten, beperkingen en mogelijke verbeteringen te bespreken.
Status Q1-2025
In Q1 werden 59 nieuwe monsters gesequenced; 46 van Amsterdam-UMC en 13 van TergooiMC. Alle monsters zijn geüpload naar de 1928 database. Streeklab Haarlem is het proces gestart en zal binnenkort de eerste monsters uploaden.
Een eerste analyse van de signalen laat zien dat veel clusters die door het typeringsnetwerk zijn gevonden door afdelingen infectiepreventie als niet relevant worden beoordeeld, gezien het ontbreken van een epidemiologisch verband tussen patiënten. De vraag is hier of dit een “oude” manier van kijken is of dat afdelingen infectiepreventie de nieuwe manier van signaleren misschien moeten beoordelen.
Resultaten 2024
Sequencing en monsterverzameling: tot nu toe zijn 83 K. pneumoniae ESBL-isolaten gesequenced in het Amsterdam-UMC. Illumina iSeq of MiSeq runs worden wekelijks uitgevoerd om real-time resultaten te leveren.
Ontwikkeling van het netwerk: om het typenetwerk uit te breiden, zijn verschillende zorginstellingen in de regio Noord-Holland|Flevoland uitgenodigd om deel te nemen aan het project.Er zijn 2 bijeenkomsten gehouden, die werden bijgewoond door vertegenwoordigers van OLVG, Streeklab Haarlem, Comicro, Tergooi MC en GGD Amsterdam. In juni 2024 zijn één-op-één gesprekken gevoerd met vertegenwoordigers van OLVG, Streeklab Haarlem en Comicro om de specifieke voorwaarden te bespreken waaraan elk laboratorium moet voldoen om zich aan te sluiten bij het netwerk.
Meer informatie?
Voor meer informatie of vragen over dit onderwerp of project, neem contact op met Dennis Souverein of Hester Korthals Altes.
