Typeringslab

Doel

Het netwerk dat tijdens de pilotfase (2023) van het project is opgezet, uitbreiden naar andere zorginstellingen in de regio Noord-Holland-Flevoland.

Het netwerk genereert en analyseert op NGS gebaseerde typeringsgegevens en ondersteunt real-time infectiepreventie en uitbraakdetectie in de regio.

Uiteindelijk moet het netwerk evolueren naar een prospectieve surveillance van pathogenen met behulp van routinematige whole genome sequencing en real-time analyse en het delen van resultaten.

Aanpak

Deelnemende laboratoria zullen:
a) toegang te krijgen tot het tijdens de pilotfase ontwikkelde online platform. Het platform maakt het delen van ruwe sequencinggegevens, online interpretatie van NGS-gegevens door laboratoria onderling en vergelijking van de typeringsresultaten tussen instellingen mogelijk;
b) VRE- en ESBL-Enterobacteriaceae-isolaten van belang naar een centraal laboratorium sturen voor sequencing; of de isolaten zelf sequencen. Alle resultaten worden gedeeld via het platform;
c) hun resultaten delen en vergelijken met andere regionale instellingen. Er worden maandelijkse vergaderingen georganiseerd om de typeringsresultaten te bespreken en interessante klonen te identificeren. Indien nodig worden infectiepreventiemaatregelen besproken om uitbraken te voorkomen;
d) toegang tot consultatie en expertise in moleculaire instrumenten voor uitbraakbeheer (bijv. ontwikkeling van NGS-gebaseerde PCR-assays om snel patiëntmonsters met een groot volume te screenen)

Tussen de verschillende stakeholders van het project (zorginstellingen, regionale laboratoria voor medische microbiologie, AMR-Zorgnetwerk) wordt nagedacht over duurzaamheid en het toekomstbestendig maken van het netwerk. Uiteindelijk moet het netwerk evolueren naar een prospectieve surveillance van pathogenen met behulp van routinematige whole genome sequencing en real-time analyse en het delen van resultaten. Er worden groeps- en individuele bijeenkomsten georganiseerd om het netwerk te promoten, beperkingen en mogelijke verbeteringen te bespreken.

Status

Sequencing en monsterverzameling.

Tot nu toe zijn 83 K. pneumoniae ESBL-isolaten gesequenced in het Amsterdam-UMC. Illumina iSeq of MiSeq runs worden wekelijks uitgevoerd om real-time resultaten te leveren.

Platform voor uitwisseling en fylogenetische analyse

Na het faillissement van Ares Genetics begin 2024 werd een nieuw contract afgesloten met het bedrijf 1928 Diagnostics. Zij bieden een grotendeels vergelijkbare service als het Ares Cloud-platform, waarbij het mogelijk is om ruwe sequencinggegevens te uploaden, whole genome MLST-analyses uit te voeren, fylogenetische bomen te berekenen en resultaten te delen tussen meerdere partners.

Alle nieuwe sequentieresultaten worden wekelijks, direct na ontvangst, geüpload naar het platform.

Ontwikkeling van het netwerk

Om het typenetwerk uit te breiden, werden verschillende zorginstellingen in de regio Noord-Holland-Flevoland uitgenodigd om deel te nemen aan het project. In februari 2024 werd een startbijeenkomst gehouden, gevolgd door een algemene bijeenkomst in april 2024.

Deze bijeenkomsten werden bijgewoond door vertegenwoordigers van OLVG, Streeklab Haarlem, Comicro, Tergooi MC en GGD Amsterdam.

In juni 2024 zijn één-op-één gesprekken gevoerd met vertegenwoordigers van OLVG, Streeklab Haarlem en Comicro om de specifieke voorwaarden te bespreken waaraan elk laboratorium moet voldoen om zich aan te sluiten bij het netwerk.

Presentaties en outreach

Er is een overzicht gepresenteerd van de resultaten van de proeffase 2023 van het project en de huidige stand van zaken op de bijeenkomst “Landelijke kennis-en netwerk bijeenkomst AMR Zorgnetwerken” op 23/05/2024 in Amersfoort.

Een abstract is ingediend voor de ASM NGS 2024 conferentie in Washington DC, USA, waarin de implementatie van regionale typeringsnetwerken in Nederland wordt beschreven. Het abstract is geaccepteerd door het organisatiecomité.